劇場版ポケットモンスター BW神速のゲノセクトミュウツー覚醒

古代ポケモンが、化石から復元された。その名はゲノセクト。プラズマ団の目的は、古代ポケモンを復活し、戦闘兵器として改造するためだった。プラズマ団はゲノセクトの背中に大砲をつみ、戦闘兵器として改造を施した。

人間の勝手な都合で、３億年前の化石から復元された５体のゲノセクト達。さらに兵器へと改造されたことで、人間へ強い恨みを抱くのだった。

ゲノセクト達は、かつて住処だった場所を目指す。だがかつての住処は岩山に変わり果て、無情にもかつての面影を残していなかった。

「なぜ我々はここにいるのか」

変わり果てた世界に蘇ったゲノセクト達の悲痛な声。その声を感じ取っていたのは、同じく人間によって生み出されたポケモン、ミュウツーだった。ミュウツーも、幻のポケモン「ミュウ」の遺伝子を使い、人間により生み出されたのだった。そしてミュウツーも、勝手な人間に憎しみを抱いているのだった。

「我々の世界はどこにいってしまったのか」

変わり果てた世界に絶望したゲノセクト達は、かつての自分たちが生きていた景色を求めて、大都会ニュートークシティに向かうのだった。

そのころサトシとピカチュウたちは、大都会ニュートークシティでポケモンのための専用住居である、ポケモンヒルズを見学していた。人間とポケモンが共存し、安心して暮らせる環境がそこにあった。

そんな中、サトシ等の前に見慣れないポケモンが。それは、３億年前に存在していたポケモン、ゲノセクトだった。ゲノセクトと不思議と心を通わせるサトシに、「ウチニカエリタイ」と声ではなくテレパシーで語りかけるゲノセクト。一緒に帰るべき場所を探そうとするが、そこに赤いゲノセクトが現れ、サトシ等を襲うのだった。

絶対絶命のピンチ！そこに伝説のポケモンミュウツーが現れた。ゲノセクトの攻撃を回避したサトシ達に、ミュウツーは「人間の手によって作られた」と、自らの境遇と似ているゲノセクト達のことを伝えるのだった。

その夜、ポケモンヒルズにも事件が起こる。中にいたポケモンを全て追い出したゲノセクトは、そこに糸で何かを作り始めた。それは、かつての安息の地を求めたゲノセクトの巣だった。巨大な巣により、変電施設に異変が生じ、街全体もピンチに陥る。

そして、人が作り出したポケモン同士の激闘が始まる。果たして、サトシとピカチューは、ゲノセクトと街を救うことができるのだろうか。